- Participation à des maladies: BMR, C. difficile, allergie, obésité, maladies inflammatoires, infections

- Régions hypervariables

- Régions variables

- Zones conservées

- Perte de diversification après 65-70 ans

- Stabilité à l'âge adulte

- Acquisition du microbiote "adulte" par l'alimentation et les médicaments

- Nouveau-né: TD stérile

- Diagnostic:

- Dilatation des vaisseaux lymphatiques: lymphangiectasies primitives ou secondaires

- Diagnostic:

- Causes:

- Maladie de l'entérocyte

- Diagnostic:

- Causes:

- Mal digestion: problème dans la phase luminale de digestion

- Signes carentiels des phanères et de la peau

- Hémorragies

- Hypoalbuminémie

- Laxatifs osmotiques

- Prise de polyols

- Intolérance au lactose

- Malabsorption: nutriments non digérés, hyper osmogènes

- Diarrhée cède lors du jeûne

- Selles liquides, sans horaire particulier

- Variables en fonction de la substance osmotique

- Affections hormonales: hyperthyroïdie

- Affections neurologiques: neuropathie diabétique, la milose

- Syndrome de l'intestin irritable

- Peu ou pas de retentissement sur l'état général

- Ralentisseurs du transit: très efficaces

- Selles impérieuses, aliments non digérés

- Temps de transit oro-fécal < 6-8h

- Selles post-prandiales ou per-prandiales

- Selles matinales, "réveille-matin"

- Très rapide

- Tumeurs

- Colite microscopique

- Diarrhées lésionnelles

- Infectieuses: norovirus, rotavirus

- Risques: déshydratation, troubles électrolytiques

- Douleurs abdominales et fièvre minimes

- Diarrhée persiste avec le jeûne

- Selles abondantes: 500 à 1500 g/j

- Perforation, hémorragie, dilatation colique

- Anémie, hypoalbuminémie

- Épreintes

- Ténesme

- Faux besoins

- Emissions fécales glairo-sanglantes

- Peau

- Phanères

- Hémorragies

- Oedèmes

- Iléon: 0.7-1.2L/j

- Jéjunum: 1.2-2L/j

- Duodénum: 3-5L/j

- Bile: 0.7L/j

- Suc Pancréatique: 1.5L/j

- Suc Gastrique: 1.5-3L/j

- Salive: 0.7L

- Alimentation: 1.5L

- Moduler le microbiote: bactériothérapie, facteurs solubles

- Cibler les cellules eucaryotes de l'hôte

- Dysbiose: microbiote appauvri, perte de diversité

- Microbiote en bonne santé: équilibré et varié

- Communication: échange avec les neurones locaux (2ème cerveau)

- Immunité: maturation du système immunitaire, barrière de protection

- Métabolisme alimentaire: régulation du stockage des graisses, de la glycémie

- Grands métabolites: acides biliaires, métabolites du tryptophane, acides gras à chaîne courte

- Métabolomique: métabolites

- Protéomique: protéines

- Métatranscriptomique: fonctions réellement exprimées

- Analyse métagénomique: ADN bactérien complet

- Techniques de séquençage à haut débit (SHOTGUN sequencing)

- Comparaison entre plusieurs échantillons (diversité bêta)

- Détermination de l'abondance (diversité alpha)

- Séquençage de l'ARNr 16S

- Amplification et qPCR pour identifier les groupes bactériens

- Extraction de l'ADN bactérien

- Structure mosaïque:

- Molécule présente dans toutes les bactéries

- Évolution au cours de la vie:

- Virus: phages

- Bactéries, champignons, archées, protistes et virus

- Génome: 25 génomes humains

- Poids: 2 Kg

- Nombre: 10^13

- Ensemble des micro-organismes présents dans le tube digestif (TD)

- Examen des aires ganglionnaires

- Examen thyroïdien, polypothyroïdénie

- Touché rectal

- Masse abdominale

- Syndrome anémique

- AEG

- Prise de médicaments

- Contexte d'apparition: voyage, grossesse

- Amaigrissement, AEG

- Émissions anormales, sanglantes ou glaireuses

- Aggravation récente

- Ancienneté de la constipation

- Constipation sévère résistante au traitement

- Douleurs insomniantes

- Masse abdominale au toucher rectal

- Sang dans les selles, rectorragies, méléna

- AEG (altération état général)

- Apparition d'une constipation chez un individu de plus de 50 ans

- Fécalomes: accumulation de selles déshydratées

- Touché rectal: matières dures dans l'ampoule rectale

- Rester longtemps à la selle, présence de glaire et de sang

- Dysfonctionnement de l'appareil sphinctérien et/ou du rectum

- Ballonnements abdominaux, douleurs abdominales de type colique

- Fréquence d'émission < 3/semaine

- Ralentissement du transit dans l'ensemble du côlon

- Post entérocytaire

- Entérocytaire

- Pré-entérocytaires (luminales)

- Créatorrhée > 2 g/j

- Stéatorrhée > 6 g/j

- Poids moyen > 300 g/j

- Signes carentiels:

- Hyperphagie compensatrice

- Altération de l'état général: asthénie, perte de poids

- Aspect stéatorrhéique: grosses selles, boueuses, décolorées, graisseuses, mousseuses

- Fréquence d'émissions souvent normale

- Selles augmentées de volumes

- Début progressif

- Causes:

- Caractéristiques:

- Causes:

- Caractéristiques:

- Causes:

- Caractéristiques:

- Forme chronique: infectieuse ou non infectieuse

- Forme aiguë: infectieuse

- Sécrétions d'électrolytes et d'eau par le grêle ou le côlon

- MICI: Crohn, RCH

- Inflammation: infections digestives

- Tumeurs: rectum, sigmoïde, côlon gauche

- Infections: bactéries invasives

- Risques associés:

- Extension au côlon

- Atteinte du rectum

- Syndrome dysentérique:

- Ballonnements

- Anorexie, restriction alimentaire volontaire, polyphagie

- Nausées, vomissements

- Douleurs abdominales: spasmes encadrant les selles

- Signes carentiels:

- Température

- Signes de déshydratation

- Poids, taille, IMC

- Perte de poids

- Fièvre

- Pression artérielle, fréquence cardiaque

- Efficacité des traitements

- Influence du repas, du jeûne

- Consistance des selles

- Aspect des selles: gras, mousseux, éléments anormaux

- Impériosité, incontinence fécale

- Fréquence et horaire des émissions

- Caractère: continu ou fluctuant

- Contexte: voyage, antibiotiques, nouveaux médicaments

- Installation: brutale ou progressive

- Laxatifs, magnésium

- Antécédents de transit

- Traitement: mucilages

- Selles dures (scybales)

- Selles explosives et liquides

- Exsudation de la muqueuse colique et rectale

- > 300g/j

- Plus de 2 selles (minimum 3)/j très molles à liquides

- Fréquence: 1 à 3 fois/jour à 3 fois/semaine

- Volontaire, diurne et indolore

- Mucus et cellules desquamées

- Bactéries: 10^11-1012/g

- Protides: (azote < 2g)

- Lipides: <6g

- Poids: 150-200g (80% d'eau)

- Résidu ultime de la digestion

- Selle normale: ni dure, ni molle

- Volume: 1 à 1.2L

- Durée: 48h environ

- Absorption

- Apports

- Approche thérapeutique:

- Rôle dans certaines maladies.

- Fonctions: métaboliques, immunes, de protection

- Le microbiote fait fonction "d'organe caché".

- Le TD est bio-divers.

III.2) Diversité Intestinale

III.1) Principales Fonctions

II.3) Analyse du microbiome

II.2) Analyse du microbiote 16S

II.1) ARNr 16S

I.2) Sa Composition

I.1) Qu'est-ce que le microbiote intestinal ?

c. Examen Physique

b. Interrogatoire

a. Signes d'Alarme

b. Dyschésie (=difficulté à émettre les selles) ou Constipation Terminale

a. Constipation de Transit ou de Progression

e. Causes

d. Examen des Selles

c. Signes Physiques

b. Signes Fonctionnels et Généraux

a. Caractéristiques

c. Diarrhées Osmotiques

b. Diarrhées Motrices

a. Diarrhées Sécrétoires

c. Causes Principales

b. Atteinte Organique

a. Définition

c. Signes Fonctionnels Associés

b. Examen Physique

a. Signes Généraux

a. Données à Recueillir

a. Fausse Diarrhée du Constipé

b. Augmentation du débit fécal

a. OMS

c. Évacuation Normale

b. Composition

a. Définition

b. Transit Normal

a. Débits Hydriques Quotidiens

IV. Conclusion

III. Ses Fonctions

II. Comment l'étudie-t-on ?

I. Introduction

IV.2) Constipation Organique

IV.1) Constipation Fonctionnelle

III.3) Les Diarrhées par Malabsorption

III.2) Les Diarrhées Hydroélectrolytiques

III.1) Les Diarrhées Lésionnelles

II.4) Examen

II.3) Interrogatoire

II.2) Diagnostic Différentiel

II.1) Définitions

I.2) La Selle Normale

I.1) Rappels de Physiologie Digestive

V. Microbiote Intestinal

IV. Constipation

III. Les 3 Types de Mécanismes de Diarrhée

II. Diarrhée: Généralités

I. Introduction

Troubles du Transit Intestinal